ก่อนเข้ารับการรักษา ผู้ป่วยจะได้รับการประเมินความพร้อมและเตรียมตัว โดยแพทย์จะเป็นผู้พิจารณาเลือกวิธีการรักษาที่เหมาะสม รวมถึงแผนการรักษาก่อนการปลูกถ่าย ไม่ว่าจะเป็นการให้ยาเคมีบำบัดและ/หรือการฉายแสง
เมื่อเริ่มการรักษา ผู้ป่วยจะต้องนอนพักรักษาตัวในห้องปลอดเชื้อแบบพิเศษ เพื่อลดความเสี่ยงของการติดเชื้อ จากนั้นผู้ป่วยจะได้รับยาเคมีบำบัดและ/หรือการฉายแสงเพื่อทำลายเซลล์ที่ผิดปกติในร่างกาย (มีผลต่อเซลล์ปกติอื่นๆ ด้วย)
เมื่อได้รับยาเคมีบำบัดและ/หรือการฉายแสงแล้ว ผู้ป่วยจะได้รับการปลูกถ่ายเซลล์ต้นกำเนิดทางหลอดเลือดดำใหญ่ โดยช่วงเวลาที่เหลือจะเป็นการพักฟื้นให้ไขกระดูกหรือเซลล์ต้นกำเนิดทำงาน ระยะนี้ผู้ป่วยจะต้องได้รับการดูแลอย่างใกล้ชิดและเฝ้าระวังภาวะแทรกซ้อนต่างๆ ที่อาจเกิดขึ้น